RT-PCR 이용할 때
바이러스의 양이 매우 적을 때(DNA 바이러스 경우)
RNA 바이러스
PCR 하기 위한 조건
프라이머가 있어야 함 → 바이러스 염기배열을 어느 정도 알고 있어야 함
- PCR 하는 이유
1. 확진을 위해
2. 바이러스양을 측정할 때
- 중화항체
- 항체가 생겼는지로 감염성 검사
- 주로 IgG 이용하는데, 그 이유는 가장 빨리 생성되기 때문
이후, IgM을 검사해 현재 감염 여부를 판단한다
- window period : 항체 형성 기간
- ELISA : 22일, PCR : 11일
수용기 허용 비허용 세포
permissive cell : 허용세포(바이러스 감염, 증식을 허용하는 세포로 수용기 보유)
non permissive cell : 비허용 세포 (수용기 미보유인 것과 있는데 바이러스 증식을 허용하지 않는 것이 존재하는 데 미보유인 것에 cell ur protein gene을 넣어주면 수용기를 만들어 허용세포로 전환)
non enveloped virus의 entry 방법
pH가 산성으로 변화하면 capsid는 hydrophobic 노출해 protein을 만나면 끼워 들어가짐 (원래는 안에 들어가 있음)
HIV-1 virion의 게놈이 표적 세포로 들어가는 모델
- HIV는 먼저 ENV를 통해 숙주 세포에 붙고 primary cell인 CD 4 수용체에 결합 후 케모카인 수용체 CCR5 발현해 세포에 들어간다. 이때, 바이러스가 entry 하는 것은 CD 4에 virion을 부착하여 세포와 바이러스 막의 융합 및 바이러스가 핵의 세포질로 전달하면서 이루어짐
인플루엔자 바이러스
수용기인 HA가 세포내이입 후 N 말단의 소수성 부위가 노출되어 엔도솜 막에 삽입 후 융합
non enveloped virus는 캡시드의 소수성 부위를 노출해 구멍을 뚫어 바이러스를 넣음
생체 세포 : in vitro, 배양세포 : in VIVO 둘의 수용기가 다름
배양 후 탈분화되면 세포 표면의 성분이 변화해 수용기가 달라짐
예) measles 바이러스
- in vitro 수용기 : SLAM, in VIVO 수용기 : CD 46
- 바이러스 게놈을 짧게 하는 이유는 숙주의 시스템을 많이 이용하기 위해 이렇게 되면 바이러스를 찾기 위해 숙주에도 영향을 끼쳐야 하므로 부작용을 일으켜 바이러스를 제거하기가 힘들다
헤르페스 바이러스는 숙주에 많이 의존하지 않는 바이러스로써 숙주에 영향을 끼치지 않고 치료 가능
HSV 1 : 단순포진, 성기에는 감염되지 않음
HSV 2 : 성기에만 감염
치료는 쉬우나 재발 위험 존재
텔로머레이스 : 프라이머가 제거된 말단을 복제하는 데 필요함
텔로머레이스는 3‘ 말단의 반복 염기서열을 연장해 상보적 프라이머를 만들어 dna가 복제될 때마다 끝부분이 조금씩 유실되어 유전자가 줄어들다가 사멸하는 것을 방지한다
- dsDNA
circular : 박테리아, linear : 동식물 등
- circular dsDNA의 복제 : 바이러스 단백질 필요
바이러스 단백질 필요한 이유
복제 기점을 인식하기 위해
origin에 결합하기 위해
헬리케이스를 활성화해 Ds stand를 sis stand로 풀기 위해
cell ur protein을 recruit 하기 위해
linear dsDNA의 복제
감염 후 언 코팅 후 circelar form으로 전환(전환하기 위해서는 양쪽 말단에 direct repeat sequence를 가져야 함)
이후 세타 롤링 복제함
헤르페스와 바이러스가 속함
HSV : 양쪽 말단에 direct repeat sequence를 가져 circular form으로 전환 가능
- 바이러스 단백질과 cell ur 단백질
1. origin re cognation
2. DNA helicase
3. S.S.B
4. primase
5. DNA polymerase
6. DNA topoisomerase
- HSV는 1~5번은 바이러스 스스로가 생산(viral protein)
6번은 cell ur protein 이용
- EDV는 1~3 바이러스 스스로 생산, 4~6 cell ur protein 이용
EDV 람다 파지는 먼저 세타 폼 복제하여 카피 수를 늘리고 이후에 롤링 서클 복제를 함
롤링서클 복제
원형 dsDNA는 개시단백질이 이중나선 복제 원점 부위에서 한 가닥을 잘라 틈(NICK)을 만든다
틈이 없는 다른 가닥을 주형으로 하여 DNA 복제가 일어나고 틈이 있는 DNA는 헬리케이스에 의해 단일 가닥으로 떨어져나옴
복제가 계속되어 한 바퀴를 돌아 합성된 DNA 가닥에 개시 단백질이 또 하나의 틈을 만들면 복제가 멈춘다
이 틈을 DNA ligase가 수선하고 첫 번째 dsDNA 분자가 완성
다르게 분리되어 나온 단일 가닥 DNA 분자의 단일나선 복제 원점에서 RNA 결합효소가 RNA 프라이머를 만듦
DNA 중합효소 Ⅲ가 RNA 프라이머를 연장하여 원형의 이중나선을 만든다
DNA 중합효소 Ⅰ이 RNA 프라이머를 제거하고 DNA로 전환한다
DNA ligase가 틈을 연결하여 두 번째 dsDNA를 완성함
- DI virus(defective intefering virus)
DNA나 RNA의 복제 오류에 의해 생겨남, 주로 RNA 바이러스
결손 바이러스이기 때문에 증식을 위해서 헬퍼바이러스 필요
헬퍼바이러스 중 satellite virus는 유사성이 전혀 없다
헬퍼 바이러스와 DI 바이러스는 homology 존재
parental virus의 증식을 interfere 함
헬퍼바이러스는 효모를 DI에 뺏겨 증식이 억제됨
DI virus는 길이는 다양
VSV는 게놈 크기에 비례해 입자 크기 달라짐
이를 제외한 바이러스는 입자 크기 일정
입자, 크기, 모양만 봐서는 parental과 DI 바이러스 구분 못함
5’말단 부분은 복제 시작이기 때문에 반드시 가져야 함
DI particle이 갈수록 많아지면 parental 복제가 줄어듦
DNA particle은 5’ 말단을 반드시 가짐. 이것은 coat protein, package protein 두 개를 합쳐 구조 단백질을 생산하는 부분을 가진다는 것이고 또한 짧기 때문에 효모에 대한 친화력도 높아 복제도 빨리 됨.
생물학